Op 13 november 2006 ondertekenden de Vlaamse Regering en de Regering van Kroatië in Zagreb een Samenwerkingsakkoord. Met het oog op de principiële goedkeuring door de Vlaamse Regering vroeg Geert Bourgeois, Vlaams minister van Buitenlands Beleid, om het advies van het Vlaams Vredesinstituut over het samenwerkingsakkoord. Het vredesinstituut ondersteunt het akkoord en gelooft dat de uitwisseling van expertise en de samenwerking in verscheidene domeinen waardevolle kansen biedt voor beide partners.